高台县黑河湿地国家级自然保护区管理局是县政府直属事业单位，副县建制，属全额拨款事业单位。局机关内设办公室、资源管理科、规划建设科、生态监测站和湿地保护站5个科级内设机构，核定科级干部职工10名（不含2名副局长）。设立高台县湿地公园管理办公室，科级事业单位，隶属高台县黑河湿地国家级自然保护区管理局，核定科级干部职数2名。

内设5个科室（办公室、资源保护科、资源开发科、湿地生态监测站、湿地保护站），具体承担全市湿地资源管理、湿地保护与恢复、维护湿地生态平衡、开展湿地保护科研与宣传等工作。各科室岗位职责为：

    办公室职责：负责文件的起草、文电处理、资料文献辑存，负责做好处内外各种会议的会务工作；按照领导要求，做好会议记录，协助领导贯彻落实会议确定的各项工作任务；负责做好文件、公文、函件的接收、登记、保密、传递、保管、督办和文书归档工作；负责做好上情下达、下情上达的工作；负责做好各种报告、文件的打印、复印工作；负责做好来访人员及对外联络的服务工作；检查、督办局重点工作落实；负责制定各项规章制度，负责干部职工管理工作和干部职工思想政治教育、政治理论学习和法制培训等工作，并组织检查落实；负责工会、妇女、共青团、计生工作的指导和检查，组织或协助组织重大节假日的纪念或庆祝活动；负责信访、维稳、综治、调处等指导工作；完成领导交办的其它工作。

资源保护科职责：贯彻执行国家湿地、自然保护区的相关法律、法规、政策，制定有关湿地资源管护的规定；编制全市湿地保护与综合利用的发展规划；负责湿地资源调查、湿地资源保护管理、湿地恢复与治理、湿地生态补偿等工作；负责承办、查处破坏自然保护区内湿地资源的各类林政案件；负责自然保护区内建设项目的审查、审核和批复；负责资源管护人员的岗位监督工作，对管护人员进行考勤和考核；负责湿地护林防火工作；负责护林防火预案编制、组织火灾扑救、火灾事故调查、防火期的值班检查、防火物资贮备和管理使用、护林防火宣传等工作；认真完成局领导交办的各项工作。

资源开发科职责：负责国家有关湿地保护法律、法规和政策的宣传普及，负责湿地生态和自然保护的宣传，提高公众的湿地保护意识；负责湿地科研项目编制、审核、上报审批，成果的评估和推广工作，科技信息的收集、科技资料收集等工作；安排和落实科研考察、人员培训、学术交流工作；负责湿地保护、国际重要湿地申报、科学研究、环境监测、科研监测数据库管理、科技档案资料管理等工作；认真完成局领导交办的各项工作。

生态监测站职责：负责湿地水文、水质、气候、土壤、生物多样性的监测与研究；湿地科普宣教中心的管理、利用、接待参观；组织开展科普活动；负责湿地珍稀动植物资源的引进、繁育和驯养，拯救濒危灭绝物种；开展常规性科研工作为主，编制科研报告，与国内外专家和大专院校进行科研合作，开展涉及保护区的专题性科研工作；开展自然保护区科学研究、环境监测、科普宣传教育，探索自然演变规律及合理开发利用生物资源的科学途径；认真完成局领导交办的各项工作。

湿地保护站职责：负责全市湿地资源的保护，指导基层湿地自然保护站开展工作，负责保护区内湿地资源调查及动植物资源的动态监测；依据《张掖市湿地管理办法》，对违法行为进行处理；组织开展自然保护区野生动植物资源调查、动态监测和评价活动，并建立资源档案；负责野生动植物的检疫、野生动物的救护和野生动物疫源疫病监测防控等工作；负责湿地珍稀动植物资源的驯养、繁育、推广；配合做好湿地自然保护区和国家湿地公园的旅游景区规划、管理、协调等具体工作；认真完成局领导交办的各项工作。