高台县黑河湿地国家级自然保护区总面积2.95万公顷（44.2万亩），占张掖市国家级自然保护区总面积的71.57%，其中：核心区1.06万公顷、缓冲区为1.05万公顷、实验区0.84万公顷。保护区以黑河为主体，沿岸有大小水库14座，水域、沼泽、滩涂星罗棋布，湿地类型多样，湿地资源丰富。湿地区域分布的植物种类有187种；脊椎动物133种，其中鱼类15种，两栖类2种，爬行类7种，鸟类86种，兽类23种。保护区内列入国家重点保护野生动物名录的种类有17种，占保护区内脊椎动物的12%，其中一级保护种类有黑鹳、遗鸥、金雕和白尾海雕3种，二级保护种类有鹗、大天鹅、小天鹅、白琵鹭和灰鹤5种，列入《中日保护候鸟及栖息环境协定》鸟类名录的候鸟有38种。保护区地处我国候鸟三大迁徙途径西部路线的中段地带，是多种珍稀濒危鸟类迁徙途中的停留栖息地和中转站，每年有几十万只候鸟从这里迁徙。